2004年11月18日获教育部批准成立，2007年3月10日正式挂牌。文史研究院作为中国文学、历史和哲学研究的一个平台，致力沟通文、史、哲不同学科的交流与融合，推动世界视野中的中国文化研究，并努力推动各种新文献和新资料的整理，建设一个从事中国文史研究的国际性、开放性的学术研究机构。
院长：葛兆光
教授，博导。1984年北京大学研究生毕业，曾任清华大学历史系教授。主要社会兼职包括：全国古籍整理出版规划小组成员，北京大学、四川大学、中国人民大学等兼职教授，日本京都大学、比利时鲁汶大学、香港浸会大学等客座教授。主要研究中国思想、宗教与文化史。著有：《禅宗与中国文化》(获第一届“中国图书奖”)、《道教与中国文化》、《中国禅思想史——从6世纪到9世纪》、《葛兆光自选集》等十余部，另有随笔集：《门外谈禅》、《佛影道踪》等六部，译著《通向禅学之道》等。
主要研究方向
◆ 从周边看中国
1）针对域外（尤其是日本、朝鲜、蒙古、越南等周边地区）保存的、域外所撰写的有关中国历史、文化、思想、宗教的资料（尤其是汉文文献）进行研究；
2）西方文献和图像中有关中国的想象和认识。
◆ 批判的理解国际中国学
1）欧美日韩有关古代中国历史、语言、宗教和文化某一领域研究的最新动态介绍与评论；
2）清末民初以来中国学术界所译介的域外中国学论著的目录与提要；
3）对国际汉学界各种新著作的批评和介绍。
◆ 交错的文化史
1）日本德川时代、朝鲜李朝时代和中国清代的文化交流的实证研究；
2）佛教、道教、天主教、伊斯兰教在近世亚洲诸国之间的传播和影响；
3）东亚近代化过程中本土文化对外来文化的接受和拒斥。
◆ 域外所藏有关中国的文字资料和图像资料
1）欧洲16-20世纪绘画中的“中国”；
2）日本、朝鲜、越南绘画中的“中国”；
3）近世亚洲及各国地图的观念史研究。
◆ 宗教、思想与艺术史的综合研究
1）佛教与天主教艺术在诸国呈现的不同形态及其历史背景；
2）流行艺术图像的思想史研究；
3）宗教史、思想史与艺术史在中国的发展历史，以及什么是它们共同的理论和方法；
4）古代儒家经典与思想的图像诠释史。
主要研究人员
共有研究人员15名，其中双聘研究人员13名，专职研究人员2名，教授比例达90%以上。访问学者6名，博士后研究人员5名。